Kurikulum disusun oleh kelompok kerja dosen (KKD) sesuai Kepmen no. 232/U/2000. Kurikulum yang telah disusun oleh KKD diusulkan oleh Direktur ke Rektor setelah mendapat pertimbangan Dewan Pertimbangan PPS.Distribusi SKS dikategorikan ke dalam 3 kelompok yaitu Mata kuliah Dasar (20%), Mata Kuliah Kemagisteran (80%) dan Mata kuliah pilihan (10%). Mata kuliah dasar (MKD) dan mata kuliah kemagisteran (MKM) adalah mata kuliah yang wajib diikuti oleh setiap mahasiswa. Mata kuliah pilihan disediakan dalam kurikulum memiliki muatan yang dapat mengembangkan keahlian berkarya dengan tujuan memberikan kesempatan kepada mahasiswa untuk menentukan spesialisasinya sendiri. Kurikulum ini diimplimentasikan untuk 5 tahun kedepan dan kemudian direvisi ulang sesuai kondisi bursa lokal, regional, dan global.
Struktur kurikulum program studi S2 Farmasi terdiri atas :
• Kelompok mata kuliah pengembangan wawasan ( 15 – 20 %)
• Kelompok mata kuliah kompetensi keahlian dan kompetensi berkarya (50 – 60 %)
• Kelompok mata kuliah pilihan (10 – 15 %)
• tesis
| Semester | Kode MK | Nama Mata Kuliah(1) | Bobot SKS |
| 1 | 101 N2102 | Statistik Penelitian Farmasi | 2 |
| 102 N2103 | Rancangan Obat | 3 | |
| 103 N2103 | Analisis produk Alam | 3 | |
| 104 N2103 | Fisiologi Lanjutan | 3 | |
| 105 N2102 | MetodelogiPenelitian | 2 | |
| 138 N2103 | Rancangan Formulasi Modern | 3 | |
| 2 | 139 N2103 | Sintesis Obat | 3 |
| 140 N2103 | Farmakodinamik/Farmakokinetik Lanjutan | 3 | |
| 141 N2103 | Bioteknologi Industri Farmasi | 3 | |
| Mata Kuliah Pilihan | 6 | ||
| 3 | 201 N2102 | Filsafat& Per-UU Farmasi-Kes | 2 |
| 202 N2102 | Analisis Instrumentasi Modern | 2 | |
| Mata Kuliah Pilihan | 6 | ||
| 4 | 206 N2101 | Seminar Proposal | 1 |
| 207 N2101 | Seminar Hasil | 1 | |
| 208 N2104 | Tesis | 4 | |
| TOTAL SKS | 47 | ||
| Semester | Kode MK | Nama MK (Pilihan) | Bobot SKS |
| II | 142 N2102 | Toksikologi Lanjutan | 2 |
| 143 N2 102 | Mikrobiologi Terapan lanjutan | 2 | |
| 144 N2 102 | Kimia Fisika Lanjutan | 2 | |
| 145 N2 102 | Imunologi Lanjutan | 2 | |
| III | 203 N2 102 | BiofarmasiLanjutan | 2 |
| 204 N2 102 | ManufakturIndustriFarmasi | 2 | |
| 205N2 102 | BiokimiaPangan | 2 | |
| 206 N2 102 | Kimia danBiokimiaEnzim | 2 | |
| 207 N2 102 | BiokimiaPatologi | 2 | |
| Jumlah | 18 | ||